محلول متیلن بلو در درمان قارچ زدگی آبزیان ؛ جلوگیری از فاسد شدن تخم ماهی ها ؛ بالا بردن اکسیژن محلول در آب ؛ ضد عفونی کردن ؛ درمان مسمومیت با نیتریت یا سیانید و همچنین جهت جلوگیری از انتشار بیماری ها و بالا بردن اکسیژن محلول در آب هنگام حمل ماهی استفاده میگردد