بازی در سال 2069 رخ می‌دهد. جهان در تاریکی شرکتی فرو رفته که به غیر از منافع‌اش چیز دیگری را نمی‌بیند و تنها هدفش این است که سلطه‌اش را بر روی آدم‌های بیشتری تثبیت کند. نام این کمپانی Eurocorp Mega-Corporation است که خود را حاکم بلامنازع جهان معرفی کرده است. این کمپانی توانسته با اختراع چیپ‌های به نام Dart6 کنترل ذهن انسان‌ها را در اختیار بگیرد و به قدرت بی‌چون و چرای جهان تبدیل شود. در بازی Syndicate شما در قالب شخصیتی به نام مایلز کیلو (Miles Kilo) قرار می‌گیرید که به عنوان آخرین نفر قرار است چیپ DART 6 را تست می‌کند. «کیلو» به عنوان اولین مأموریتش به لس‌آنجلس می‌رود تا چیپ فردی به نام گری چنگ (Gary Chang) که یک محقق برجسته است را به دست بیاورد. «چنگ» یکی از خالقان DART 6 بوده که حالا دیگر تاریخ مصرفش به پایان رسیده و می‌بایست از مسیر Eurocorp کنار زده شود،....
